課税事業者は、国内において課税仕入れを行った日又は保税地域から課税貨物を引き取った日（保税地域から引き取る課税貨物について特例申告書を提出した場合には特例申告書を提出した日）の属する課税期間における課税標準額に対する消費税額から、その課税期間中に国内において行った課税仕入れに係る消費税額及びその課税期間中に保税地域から引き取った課税貨物に係る消費税額の合計額（課税仕入れ等の税額）の全部又は一部を控除することができます。
　控除の計算方法は次表のとおりです。

課税売上割合が９５％以上（注）	全額控除
課税売上割合が９５％未満 (右のどちらか選択)	個別対応方式で計算
	一括比例配分方式で計算

（注）平成２４年４月１日以降に開始する課税期間においては、その課税期間にお
　　ける課税売上高が５億円を超える場合には対象となりません。
�@　個別対応方式を採る場合
　その課税期間中の課税仕入れ等を、
　イ　課税資産の譲渡等にのみ要するもの
　ロ　その他の資産の譲渡等（課税資産の譲渡等以外の資産の譲渡等）にのみ要す
　　るもの
　ハ　課税資産の譲渡等とその他の資産の譲渡等に共通して要するもの
に区分し、次の算式により計算した金額が控除できます。

　仕入控除税額＝イに係る税額＋ハに係る税額×課税売上割合

　この場合、課税売上割合に代えて、課税売上割合に準ずる割合（合理的な基準に
より算出したものとして税務署長の承認を受けたもの）を乗じる方法も認められます。
�A　一括比例配分方式を採る場合
　次の算式により計算した金額が控除できます。
　
　仕入控除税額＝その課税期間中の課税仕入れ等の税額×課税売上割合

　なお、一括比例配分方式を選択した場合には、２年間は継続して適用しなければならないこととされています。
　適用の際には、確実にシュミレーションを行う必要がある。